15 августа 1991 года состоялась торжественная передача епархии Софийского собора чудотворной иконы «Богоматерь Знамение» — одной из самых почитаемых икон в православии.
 
Она получила своё название после чудесного знамения в 1170 году. В бою новгородцев с вражеским войском в иконописный лик Богородицы вонзилась стрела. Из ее глаз потекли слёзы и икона повернулась ликом к городу. Враг был напуган и новгородцы победили.

В память об этом чуде архиепископ Иоанн в XII веке установил празднование в честь иконы Знамения Богородицы, совершаемое в Русской церкви и по настоящее время.
 
В подписании акта о передаче собора епархии участвовал Митрополит Новгородский и Старорусский Лев. До этого момента богослужения не совершались в храме более 60 лет. Именно благодаря трудам Митрополита, с 1991 года была возобновлена духовная жизнь Новгородчины.